Carlos, Rey Emperador narra el ascenso y reinado de Carlos I de España (Carlos V del Sacro Imperio), uno de los monarcas más poderosos de la historia de Europa. La serie sigue su llegada a España y su maduración como estadista mientras gobierna un imperio que se extiende por Alemania, Borgoña, los Países Bajos, Italia, Castilla, el norte de África y América, enfrentando amenazas y consejos contradictorios de quienes lo rodean.